हनुमान गढ़ी मंदिर का इतिहास कई सौ साल पुराना माना जाता है। हनुमानगढ़ी मंदिर का निर्माण 10वीं शताब्दी में अवध के नवाब शुजाउदौला ने करवाया था और उन्होंने मंदिर को नष्ट होने से भी बचाया था। उसके बाद हनुमान गढ़ी मंदिर का निर्माण स्वामी अभयारामदासजी के निर्देश में किया गया। धार्मिक मान्यताओं के अनुसार पवनपुत्र हनुमान ने यहीं रहकर कोतवाल के रूप में अयोध्या की रक्षा की थी।

सिद्धपीठ हनुमानगढ़ी में एक गुप्त पूजा होती है, जो एक रहस्य है क्योंकि इसके बारे में कोई नहीं जानता। पूजा सुबह तीन बजे शुरू होती है और आठ पुजारी इसमें हिस्सा लेते हैं। इस दौरान मंदिर आने वाले लोग पूजा में शामिल नहीं हो सकते है। पुजारी इसे गुप्त रखते हैं और मंदिर के बाहर किसी को भी इसके बारे में नहीं पता है।

हनुमान गढ़ी मंदिर वास्‍तव में एक गुफा मंदिर है। वहां तक पहुंचने के लिए लगभग 76 सीढ़ियां चढ़नी पड़ती हैं। यहां पर स्थापित हनुमानजी की प्रतिमा हमेशा फूल मालाओं से सुशोभित रहती है। इस मंदिर परिसर के चारों कोनो में परिपत्र गढ़ हैं। मंदिर परिसर में मां अंजनी व बाल (बच्‍चे) हनुमान की मूर्ति है जिसमें हनुमानजी, अपनी मां अंजनी की गोदी में बालक रूप में लेटे हैं। हनुमानगढ़ी में ही अयोध्या की सबसे ऊंची इमारत भी है जो चारों तरफ से नजर आती है। इस विशाल मंदिर व उसका आवासीय परिसर करीब 52 बीघा में फैला है।

हनुमान गढ़ी मंदिर में आने वाले भक्त हनुमान जी को सिंदूर, चमेली तेल, देशी घी, बेशन लड्डू, तुलसी पत्र, इत्र, चंदन आदि प्रसाद चढ़ाते हैं