निधिवन में मंदिर की स्थापना प्रसिद्ध संत स्वामी हरिदास ने की थी, जो भगवान कृष्ण के भक्त और प्रसिद्ध संगीतकार थे। स्वामी हरिदास प्रसिद्ध संत स्वामी वल्लभाचार्य के शिष्य थे, जो वैष्णववाद के वल्लभ संप्रदाय के संस्थापक थे। स्वामी हरिदास भक्ति संगीत के विपुल संगीतकार थे, और उनकी रचनाएँ आज भी भगवान कृष्ण के भक्तों के बीच लोकप्रिय हैं। 19वीं शताब्दी में, मंदिर का जीर्णोद्धार जयपुर के महाराजा द्वारा किया गया था, जो भगवान कृष्ण के भक्त थे। उन्होंने मंदिर में कई नई संरचनाएँ जोड़ीं, जिनमें एक सुंदर संगमरमर का प्रवेश द्वार और एक बगीचा शामिल है।

निधिवन का प्रवेश द्वार श्रद्धालुओं के लिए शाम 7 बजे बंद हो जाता है। निधिवन के बारे में मान्यता है की रोज रात यहां पर राधा और श्री कृष्ण रास रचाते हैं। रंग महल में राधा और श्रीकृष्ण के लिए रखे गए चंदन की पलंग को शाम सात बजे के पहले सजा दिया जाता है। पलंग के बगल में श्री कृष्ण के लिए एक लोटा पानी, राधाजी के श्रृंगार के सारे सामान और दातुन संग पान रख दिया जाता है। सुबह पांच बजे जब पट खुलते हैं, उस समय बिस्तर ऐसा प्रतीत होता है जैसे कोई सोया हो, लोटे का पानी खाली, दातुन कुची हुई और पान खाया हुआ मिलता है। निधिवन के बारे में एक और पहेली यह है कि निधिवन में छुपकर रहस्यमय रास लीला को देखने का प्रयास करने वाले किसी भी व्यक्ति को कठिनाइयों का सामना करना पड़ता है। जिन लोगों ने रात में निधिवन में श्री कृष्ण की रास लीलाओं को देखने का प्रयास किया, उनमें बोलने, देखने या अपने मानसिक स्वास्थ्य को बनाए रखने की क्षमता खो गई है। दूसरे शब्दों में कहें तो वे जो देखते हैं उसे समझाने में उन्हें कठिनाई होती है। निधिवन में ऐसे पेड़ हैं, जिनमें से प्रत्येक का एक विशिष्ट आकार है। जानकारों की माने तो निधिवन में 16,000 से ज्यादा पेड़ हैं, जो रहस्यों से भरे हैं।

निधिवन की वास्तुकला पारंपरिक हिंदू और मुगल शैलियों का एक सुंदर मिश्रण है। मंदिर परिसर में कई संरचनाएं हैं, जिनमें मुख्य मंदिर, एक आंगन और एक बगीचा शामिल है। मुख्य मंदिर एक सुंदर सफेद संगमरमर की संरचना है जिसमें जटिल नक्काशी और डिजाइन हैं। मंदिर के शीर्ष पर एक कलश के साथ एक गुंबद के आकार की छत है, जो हिंदू धर्म में पवित्रता और शुभता का प्रतीक है। मंदिर के प्रवेश द्वार को अन्य देवताओं के साथ-साथ भगवान कृष्ण और राधा की सुंदर नक्काशी से सजाया गया है। मंदिर का प्रांगण संगमरमर से पक्का है और बीच में एक सुंदर फव्वारा है। प्रांगण कई छोटे मंदिरों और भगवान शिव, हनुमान और गरुड़ सहित विभिन्न देवताओं को समर्पित मंदिरों से घिरा हुआ है। निधिवन का परिसर निधिवन के पूरे क्षेत्र में उलझे हुए तनों वाले अनेक तुलसी के पेड़ देखे जा सकते हैं। ये छोटे पेड़ कभी-कभी जोड़े में पाए जाते हैं। निधिवन में कई पेड़ मनुष्य के शरीर के आकार जैसे दिखाई देंगे, जो अलग-अलग मुद्राओं में खड़े हैं। परिसर के भीतर 'बंसीचोर राधा मंदिर' नामक एक और मंदिर भी है, जहां राधा ने कृष्ण की बांसुरी चुराई थी। इसके अलावा स्वामी हरिदास को समर्पित एक तीर्थस्थल है, जिन्होंने अपनी पूरी भक्ति के साथ बांके बिहारी की मूर्ति बनाई थी।

निधिवन में फूलों के साथ माखन मिश्री और पेड़ा का भोग लगाया जाता है।